深圳出入境边防检查总站是国家移民管理局垂直领导管理机构，为正局级，人民警察编制。目前总站共设6个机关处（室）和5个直属单位，下辖1个副局级边检站（皇岗边检站）、17个正处级边检站（罗湖、深圳湾边检站等）。

总站驻守在粤港澳大湾区核心引擎、中国特色社会主义先行示范区——深圳，与香港毗邻相望。主要承担驻地口岸出入境人员、交通运输工具的检查、监护和口岸限定区域管理等职责，涵盖海、陆、空、铁边防检查工作任务，肩负着守卫国门安全稳定，维护国家主权和尊严的重任，为共和国创造和平的政治和经济环境、服务地方经济社会建设作出积极贡献。